Probabilmente i primi imperatori si adattarono ad abitare nelle ville più sfarzose tra quelle preesistenti, ossia quella di Clodio in località Ercolano (oggi nel giardino della villa del Pontificio Collegio Nordamericano) e quella di Pompeo ad Albano (oggi inclusa nel parco pubblico comunale di Villa Doria).[8] Fu Domiziano che decise di costruire un nuovo corpo residenziale alla villa, in posizione più panoramica sia verso il mare che verso il lago, e dotato di nuova fastose strutture come l'ippodromo ed il teatro. Probabilmente il progetto fu affidato a Rabirio, già architetto del Palazzo di Domiziano sul Palatino.[10] La parte idraulica invece pare sia stata curata dal procuratore delle acque Alypus, che evidentemente doveva essere abile, dato che rimase in carica anche sotto Traiano.[10] In questa fase, la villa arrivò ad occupare anche sei chilometri quadrati, secondo i calcoli di Giuseppe Lugli.

Probablement les premiers empereurs se sont adaptés à vivre dans les villas les plus somptueuses parmi celles préexistantes, à savoir celle de Clodio à Ercolano (aujourd'hui dans le jardin de la villa du Collège pontifical nord-américain) et celle de Pompeo à Albano (aujourd'hui incluse dans le parc public municipal de la Villa Doria).[8] C'est Domitien qui décide de construire un nouveau corps résidentiel à la villa, dans une position plus panoramique tant vers la mer que vers le lac, et doté de nouvelles structures somptueuses telles que l'hippodrome et le théâtre. Le projet fut probablement confié à Rabirio, ancien architecte du Palais de Domitien sur le Palatin.[10] La partie hydraulique, en revanche, semble avoir été prise en charge par le procureur des eaux Alypus, qui devait évidemment être habile, étant donné qu'il est resté en fonction même sous Trajan.[10] Dans cette phase, la villa occupait même six kilomètres carrés, selon les calculs de Giuseppe Lugli.